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Fondé en 1701, il s’agit du troisième plus ancien établissement d’enseignement supérieur des États-Unis et de l’un des neuf collèges coloniaux agréés avant la Révolution américaine. L’expédition en 1714 de 500 livres représentait le meilleur de la littérature anglaise moderne, de la science, de la philosophie et de la théologie. En 1722, le recteur et six de ses amis, qui avaient un groupe d’étude pour discuter des nouvelles idées, annoncèrent qu’ils avaient abandonné le calvinisme, étaient devenus arminiens et avaient rejoint l’Église anglicane. Thomas Clapp devint président en 1745 et lutta pour ramener le collège à l’orthodoxie calviniste, mais il ne ferma pas la bibliothèque. D’autres étudiants ont trouvé des livres de Deist dans la bibliothèque. Les étudiants américains en théologie et en théologie, notamment en Nouvelle-Angleterre, considéraient l’hébreu comme une langue classique, avec le grec et le latin, indispensable pour l’étude de l’Ancien Testament dans les mots d’origine. Le révérend Ezra Stiles, président du collège de 1778 à 1795, porta avec lui son intérêt pour la langue hébraïque en tant que moyen d’étudier des textes bibliques anciens dans leur langue d’origine (comme c’était le cas dans d’autres écoles), exigeant que tous les étudiants de première année étudient l’hébreu (contrairement à Harvard, où seuls les classes supérieures devaient étudier la langue) et est responsable de la phrase hébraïque אורים ותמים (Urim et Thummim) sur le sceau de Yale. Diplômé de Yale en 1746, Stiles arriva au collège avec une expérience en éducation, ayant joué un rôle essentiel dans la fondation de l’Université Brown en plus d’avoir été ministre. Cependant, Edmund Fanning, diplômé de Yale et secrétaire du général britannique en charge de l’occupation, intervint et le collège fut sauvé.